Унцукульский район основан в 1935 году. Это один из крупных аварских районов. Историческое развитие Унцукульского района как единого политического объединения начинается с XVII века, когда все сельские общины, расположенные в долине реки Аварское Койсу, объединились в мощное политическое объединение — Койсубулинское вольное общество, которое просуществовало вплоть до Кавказской войны, то есть до 20-х годов XIX столетия.
В XVII—XIX веках унцукульцы совершали частые набеги на Грузию и на плоскостные земли по побережью Каспийского моря. Известно немало имен военных предводителей койсубулинцев. Среди них Дарбиш, Гелега, Хан Малачилав, Канца Малахума, хромой Ражбадин и мн. др. Из истории также известно, что Гелега возглавлял объединённые силы горцев ополченцев, отражавших натиск иранских захватчиков на Кавказ.
В 1820—1850-х годах в период Кавказской войны Койсубулинское вольное общество находилось в эпицентре драматических событий, связанных с борьбой горцев Дагестана и Чечни против русского царизма. Возглавляли эту борьбу вначале Газимагомед, затем Шамиль (оба выходцы из села Гимры).
С деятельностью имама Шамиля связано и возникновение первого государственного объединения в Дагестане — Имамат, это религиозно — теократическое государство, куда входила горная часть Дагестана и Чечни. В этой борьбе горцы продемонстрировали миру мужество и стойкость в борьбе за свободу. Ярким проявлением этой борьбы является героическая битва горцев на Ахульго недалеко от с. Ашильта в августе 1839 г.
С окончанием кавказской войны в 1861 году Койсубулинское вольное общество вновь было восстановлено, как своего рода административный район и входило в состав Аварского округа.
Свои коррективы в жизнь горцев внесли Октябрьская революция и гражданская война в начале XX века. Одним из самых ярких руководителей бедноты в борьбе за Советскую власть был Махач Дахадаев, уроженец с. Унцукуль. Под его руководством из числа унцукульцев был создан партизанский отряд численностью 500 человек.
В 1920—30-х годах в Унцукульском районе активно строились школы, больницы, создавались колхозы, государственные учреждения:
В Августе 1944 года Кодотлинский сельсовет Унцукульскрнр района был передан в новый Гергебильский район[4].
10 августа 1960 года Унцукульский район был упразднён, а его территория передана в Гергебильский район[5]. В 1963 году район восстановлен в прежних границах.
В 1980 году было начато строительства Ирганайской ГЭС. В 1998 году осуществлён пуск первого агрегата Ирганайской ГЭС, а в 2001 году пуск второго агрегата.
