Малокарачаевский район основан в 1922 году. Граничит с Зольским районом Кабардино-Балкарской республики, Предгорным районом Ставропольского края, Усть-Джегутинским районом Карачаево-Черкесской республики, Карачаевским районом Карачаево-Черкесской республики. Общая площадь района – 1366кв.м.
К началу XX века территория нынешнего Малокарачаевского района входила в состав Баталпашинского отдела Кубанской области (аул Кумско-Лоовский), Нальчикского округа (селение Хасаутское) и Пятигорского отдела (селение Старо-Абуковское) Терской области.
Малокарачаевский район был впервые образован в 1922 году как Мало-Карачаевский округ вновь образованной Карачаево-Черкесской автономной области.
30 сентября 1931 года Малокарачаевский округ был преобразован в Малокарачаевский район.
12 октября 1943 года Карачаевская автономная область была упразднена и Малокарачаевский район был передан в подчинение Ставропольскому краю.
6 ноября Малокарачаевский район был переименован в Кисловодский.
В 1957 году, после повторного образования Карачаево-Черкесской автономной области и повторного образования в её составе Малокарачаевского района, центр района переместился в село Учкекен.
1 февраля 1963 года был образован Малокарачаевский сельский район с центром в селе Учкекен.
12 января 1965 года Президиумом Верховного Совета РСФСР Малокарачаевский сельский район Карачаево-Черкесской автономной области преобразован в район.